長榮航空與全日空航空以共掛班號方式全面聯營台北─福岡、大阪、東京、名古屋、仙台、札幌等日本定期航線，提供旅客前往日本更完整便捷的運輸服務。 另自2008年4月1日起，聯營大阪-洛杉磯航線，提供雙方旅客往返日、美二地另一選擇。

雙方合作內容包括共掛班機號碼、行李直掛、聯航班表協定、機場貴賓室以及訂位系統互通等合作，為本公司與外家航空公司合作之濫觴。全日空航空之旅客可透過本公司之營運網路銜接香港、澳門、奧克蘭等航線；同時，長榮航空之旅客，亦可透過全日空航空之網路順利銜接名古屋、宮崎、鹿兒島、小松等國內航線。